北京四合院建築規格早在遼代時就已經初步形成。元朝當時世祖忽必烈「詔舊城居民之遷京城者，以貲高（有錢人）及居職（在朝廷供職）者為先，乃定製以地八畝為一分」，分給前往大都的富商、官員建造住宅，由此開始了北京傳統四合院住宅大規模形成時期。[4] [5]1970年代初，北京後英房衚衕出土的元代四合院遺址，可視為北京四合院的雛形。[6] 後經明、清歷代完善，逐漸形成北京特有的建築風格。現在，四合院和衚衕一起被認為是北京市井文化的象徵。

中華人民共和國成立後，特別是文化大革命以後，隨著四合院原主人被打倒和抄家，以及那個時代的住房壓力，四合院被強占，或重新分配給多戶人家。由於不適應多戶人家，因此各家在院子裡蓋起了廚房、儲物間等建築，四合院也淪落成了大雜院。

除了一些成為大雜院的四合院外，一些保留完好的四合院通常成為公司和組織單位辦公的場所，失去了居住的意義。有的甚至在四合院裡辦起了賓館，如史家衚衕的好園賓館，後圓恩寺的友好賓館等等。

由於四合院不再屬於一戶人家，以及維修不善，造成了北京老城區出現了很多危房。 除了危房的問題，還有老城區基礎設施的陳舊，以及人口增長帶來的住房壓力的問題，北京市開始了危舊房改造（簡稱危改）的工程，政府把危改和房改結合在一起，引入了房地產商進行商業開發。

四合院裡搭滿了小屋

破舊失修的四合院

依稀可見的垂花門早已失去了當年的光彩

大門內的影壁已經被小屋遮蓋住

大門內安裝的電錶

廣亮大門外又安裝了鐵柵欄

除此以外，加密路網、拓寬道路、增建綠地等工程，都在擠壓著四合院的生存空間。從此，四合院開始成片成片地被拆毀，如1998年拆除康有為的粵東新館，2000年拆除趙紫宸故居，2004年拆除孟端衚衕45號的清代果郡王府，2005年拆除曹雪芹故居，2006年拆除唐紹儀故居。[7] 與此同時，一些四合院被列入北京市和各區縣級的保護院落，但即使保存下來的四合院，也在高樓大廈四面的圍合之中，成為現代化城市中的孤島。

隨著老城區保護的開展，一些原有四合院進行了改造，例如1990年由清華大學吳良鏞教授主持的對北京菊兒衚衕四合院的危改項目，在保留院落結構的基礎上，將原有四合院的平房改為樓房，增加了廚房、衛生間等設施。[8]該改造工程獲得了聯合國的世界人居獎。[9] 北京南池子危改中，也將部分四合院房屋改成兩層，並修建了地下車庫。[10]2006年，北京市公布了《北京四合院建築要素圖》，作為對四合院保護、修繕、翻建、改建的參考依據。[11]