合作任务是一类基于单人战役主线背景的双人合作型任务。与特殊行动任务不同，大部分合作任务的剧情相对于主线剧情比较独立，只有小部分合作任务对主线剧情部分事件有一定的额外补充。合作任务仅在联机时可以选择，由两名人类玩家合作完成任务。目前（版本3.3.6）共有36个合作任务可选择，除焚风当前还没有合作任务之外，其他三个阵营各有12个任务。

除此之外，厄普西隆还有两个被废弃的合作任务——困兽之斗和单色画，因为游戏可玩性与剧情背景扩充的综合考虑，它们最终被删除。困兽之斗在3.3.3版本中被隐喻替换，而单色画在3.3.5版本被经过完全翻新重做后的单色光替换。

盟军任务

苏联任务

厄普西隆任务

细节[]

在3.3.5版本之前，玩家可以以单人外加一名友方AI的形式开始合作任务。从3.3.5版本起强制要求两名人类玩家进行合作任务。

BUG汇总[]

非房主身份连续进行游戏时，如果网络延迟较高，玩家可能会以上一张地图的子阵营国家开始任务，导致游戏崩溃概率大大提升（多发生于勾选“自动准备”的情况）。

查·论·编心灵终结的合作任务 同盟国联军

流浪车手 • 光辉岁月 • 集体战争 • 执法者 • 战争科学 • 进击的飞车铁血前线 • 疯狂巨兽 • 没落之地 • 均势 • 王牌铁骑 • 低温 苏维埃联盟

针尖麦芒 • 烧尽 • 反客为主 • 焦土 • 夜幕降临 • 雷霆之神尔虞我诈 • 悔改之时 • 薪火相传 • 财源 • 钢骨 • 沉醉 厄普西隆军

电视与谎言 • 反击时刻 • 呼风唤雨 • 失忆 • 兵贵神速 • 红衣主教唯心主义 • 单色光 • 隐喻 • 科技封锁 • 绝命毒师 • 背刺已移除任务

困兽之斗 • 单色画